Etwas längere Endoskope sind nötig um bis in die Bronchien zu schauen. Kehlkopf und Luftröhre sind leichter zugänglich und bedürfen auch nur einer sehr oberflächlichen Betäubung. Ziel ist es, die Ursachen für Geräusche und Beschwerden beim Atemsystem zu ermitteln. Bei der Untersuchung der Bronchien wird häufig eines Spülung oder ein Abstrich zur anschließenden Zelluntersuchung entnommen.

Wohl den meisten Menschen bekannt, wird diese Untersuchung von chronischen Beschwerden des Magendarmtraktes mit einem speziellen Videoendoskop ausgeführt und zusätzlich mit Hilfe kleiner Biopsiezangen Gewebe zur weiteren Untersuchung entnommen. Auffällige Befunde während der Spiegelung sind eher selten. Meist ergibt erst die histopathologische Untersuchung der Gewebeproben, die auf diesem Wege sehr schonend entnommen werden können, eine Diagnose und Hilfe für das weitere Management.

Des Weiteren können Fremdkörper unter Magendarmspiegelung entfernt werden.Die Endoskope zur Untersuchung des Magen-/Darmtraktes können auch in Notfällen zur Entfernung von Fremdkörpern aus der Speiseröhre eingesetzt werden.